Komplikacije IVF-a, iako rijetke jer je riječ o mladim ženama koje dobro podnose zahvate, se ipak dešavaju. To su najčešće krvarenja nakon punkcije (aspiracije) jajnih stanica, koja ponekad mogu biti jaka i zahtijevaju kirurški zahvat da krvarenje stane, infekcije nakon zahvata (obično odgođene, nakon par mjeseci), te rjeđe komplikacije, poput oštećenja organa koji se nađu na putu punkcijskoj igli.
U početku, jajne stanice potrebne za potpomognutu oplodnju su se dobivale laparoskopijom. Kasnije, uvođenjem transvaginalnog ultrazvuka i vodilica za igle u kliničku praksu, ovo je zamijenjeno transvaginalnim punkcijama pod kontrolom ultrazvuka, što je lakše za naučiti mladim liječnicima, te je uskoro postao široko prihvaćen zahvat.
Rizik da se komplikacija punkcije desi je povišen kod mlađih žena koje su mršave (imaju nizak indeks tjelesne mase), kod žena koje su već ranije operirane (kirurški zahvati u abdomenu ili zdjelici), ukoliko se aspiracijom dobije velik broj jajnih stanica, ukoliko aspiracija dugo traje, i neiskustvo doktora koji punktira. Ovo ne znači da se komplikacije neće desiti kod ostalih žena, samo da se dešavaju rjeđe.
Smatra se da je rizik krvarenja/komplikacija po jednoj punkciji manji od 0,5%, a rizik hospitalizacije zbog komplikacije i eventualno potrebne operacije da se krvarenje zbrine oko 0,2%.
Dodatne komplikacije IVF-a koje nastaju nakon aspiracije jajnih stanica su infekcije zdjeličnih organa (zdjelični apsces ili sepsa). Ovo se najčešće dešava kod žena sa endometriozom, ili žena sa oštećenim jajovodima u kojima tinjaju infekcije. Najrjeđe komplikacije zahvata potpomognute oplodnje su oštećenja mjehura, mokraćovoda, crijeva, ili torzije jajnika, koje također ponekad trebaju kirurško rješavanje.
Pacijenti, ni liječnici, nikad ne smiju zaboraviti da je aspiracija jajnih stanica invazivan zahvat, kod kojeg su zabilježeni čak i smrtni slučajevi tokom 35 godina koliko se radi, pa kod odluke o IVF-u i aspiraciji uvijek treba biti čim konzervativniji. Pacijentice često inzistiraju na IVF-u jer ima veći postotak uspješnosti od ciljanih odnosa ili inseminacija, međutim moraju postojati čvrsti razlozi da se preskoče ova dva jednostavna postupka i odmah krene na IVF, da bi se opravdala komplikacija, ukoliko nastupi.
